A filmben a főhős felfedezi, hogy a Treadstone-program után egy új, továbbfejlesztett titkos művelet, a Blackbriar is működik, ami még sötétebb és veszélyesebb, mint elődje. A cselekmény London, Tanger és New York utcáin átívelve mutatja be, hogyan próbálja Bourne leleplezni a programot, miközben szembenéz saját múltjának teljes igazságával.

A film különlegessége, hogy sokkal földhözragadtabb és közvetlenebb kémet mutat be, mint a hollywoodi sztereotípiákban megszokott, elegáns, kütyükkel felszerelt ügynökök. „Bourne a nyers és hatékony ügynök, tökéletes a 21. századra.” – írja a Collider. Ez a realista megközelítés tette a karaktert igazán hitelessé a közönség számára, hiszen Matt Damon egyszerre testesítette meg a fizikai erőt és a sebezhetőséget.

Paul Greengrass rendező kézikamerás stílusa – amelyet sokan „shaky cam”-ként emlegetnek – szintén meghatározó eleme lett a filmnek. Ez a dokumentarista hatású képi világ olyan fokú realizmust adott az akciójeleneteknek, amely alapjaiban változtatta meg a műfajt. A kritika szerint „a film szédítő tempóban halad, és a kézikamerás stílus még inkább fokozza a feszültséget, olyan realizmust teremtve, amely azóta is hatással van az akciófilmekre.”

A Bourne-ultimátum nemcsak lezárta a trilógiát, hanem egyben új szintre is emelte a kémfilmeket. A történet végre teljes választ adott Bourne identitásának kérdéseire, miközben a Blackbriar-program leleplezésével a CIA titkos műveleteinek legsötétebb oldalát is bemutatta. A film dramaturgiája feszes, a fordulatok világosak és követhetők, így a néző egyszerre kap akciót, összeesküvést és karakterdrámát.

A szereplőgárda is erősítette a film súlyát: Matt Damon harmadszor is hitelesen hozta az amnéziás ügynök figuráját, Joan Allen Pamela Landy CIA-igazgatóként erőteljes alakítást nyújtott, míg David Strathairn Noah Vosen szerepében új színt vitt a történetbe. Bár Julia Stiles Nicky Parsons ügynökként vegyes kritikákat kapott, a mellékszereplők összességében hozzájárultak a film feszült atmoszférájához.

Összességében A Bourne-ultimátum nemcsak a trilógia méltó lezárása, hanem a modern akció- és kémfilmek egyik legfontosabb darabja is lett. A kritikusok szerint „ez a film kötötte össze a trilógiát, és szilárdította meg helyét a modern kémfilmek legfontosabb alkotásai között.” A 21. század közönsége számára Bourne nemcsak egy hős, hanem egy újfajta ügynök archetípusa lett, aki egyszerre emberi és halálosan hatékony.